Организаторами конференции являются Объединенный институт ядерных исследований (ОИЯИ), Московская духовная академия (МДА), Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова (МГУ), Фонд апостола Андрея Первозванного (ФАП) и Центр национальной славы (ЦНС).

Предыстория конференции восходит к началу 60-х годов. Тогда под председательством первого директора ОИЯИ академика Д.И. Блохинцева в Дубне начали регулярно проводиться встречи философов и физиков для обсуждения основных онтологических вопросов.

Когда стало возможным участие представителей религии в таких встречах, их традицию продолжила конференция «Наука. Философия. Религия», инициатива проведения которой принадлежит профессорам ОИЯИ В.Н. Первушину и В.А. Никитину. Первая конференция с таким названием прошла в 1990 году.

В 90-х гг. прошло 10 встреч, каждая из которых имела свою тему:

1. Понятие истины в науке и религии – 1990г.

2. Смысл человеческой жизни – 1991г.

3. Познание духовного мира – 1992г. 4. Пределы знания в науке и религии – 1993г.

5. Наука в христианском мире – 1994г.

6. Наука и христианство в современном мировоззрении – 1995г.

7. Происхождение и смысл жизни – 1996г.

8. Наука, технология, человек – 1997г.

9. Эсхатология – 1998г.

10. Наука и теология на рубеже третьего тысячелетия – 1999г.

После семилетнего перерыва в 2007 году по инициативе Фонда апостола Андрея Первозванного и Центра национальной славы работа конференции была возобновлена. Тема прошедшей в 2007 году XI-ой конференции: «Культура и свобода».

Целью конференции является налаживание конструктивного диалога между наукой, философией и религией, а также обсуждение наиболее актуальных проблем современного мира с точки зрения этих трех основных сфер человеческой деятельности.

Задачами конференции являются формирование в общественном сознании мировоззренческих позиций, гармонически сочетающих религиозные, философские и научные аспекты познания, преодоление разобщенности между светской и церковной наукой, а также устранение стереотипных представлений о противостоянии науки и религии.