В начале 1990-х годов, когда в России начал действовать закон о реабилитации, у государства не было денег, чтобы компенсировать жертвам репрессий материальный и моральный ущерб, нанесенный им государством. Когда у государства появились средства, оно сняло с себя ответственность и переложило ее на региональные органы власти. Введенный в 2005 году в силу Закон № 122 фактически лишил льгот нашу целевую аудиторию. Проблема автоматически стала «сетевой». Правлением Международного «Мемориала» при участии региональных «Мемориалов» был проведен мониторинг региональных правовых документов. Стало очевидным, что в связи с действием 122-го Закона практически повсеместно ухудшилось положение жертв репрессий, возникла  существенная разница в положении людей, прошедших через одни и те же трагические события, но проживающих ныне в разных регионах. Многочисленные требования «Мемориала» в федеральные органы законодательной и исполнительной власти по этому поводу пока что не привели к результатам. В настоящий момент готовится очередное обращение в Конституционный суд РФ по поводу соответствия Закона № 122 Конституции РФ. Впереди еще непростая борьба, которая требует координации усилий всех российских «Мемориалов».

В 2000-х годах в международном сообществе за «Мемориалом» закрепилась репутация не только организации, занятой сохранением исторической памяти о репрессиях, но и эффективной структуры, ведущей мониторинг нарушений прав человека и практическую правозащиту.

Правозащитный центр «Мемориал» постоянно сотрудничает не только с российскими неправительственными организациями (например, по теме предотвращения пыток – с Фондом «Общественный вердикт», Нижегородским Комитетом против пыток, центром «Демос» и так далее), но и с ведущими международными организациями, – такими, как «Хьюман Райтс Вотч», Международная Хельсинкская Федерация, Международная федерация лиг прав человека и многими  другими.

Если же говорить о внутрироссийских сетевых пректах, то наиболее известным направлением этой работы остается программа «Горячие точки». В рамках этой про­грам­мы Правозащитный центр «Мемориал» и его региональные представительства не толь­ко собирают информацию, анализируют и обобщают её для публикации, но прежде всего оказывают правовую помощь жертвам конфликтов. Если в «первую чеченскую» та­кая работа в основном ограничивалась Чеченской Республикой, то теперь эскалация конф­ликта заставила правозащитников развернуть деятельность почти на всей территории Се­вер­но­го Кавказа и в ряде других регионов. Офис в Москве и региональные предста­вительства связаны друг с другом – это, по сути, единый коллектив, – что позволяет, в част­нос­ти, отслеживать ситуацию и оказывать правовую помощь людям (в том числе и пересекающим границы субъектов федерации).

Доклады и сообщения «Мемориала» о положении в зоне конфликта на Кавказе широко известны не только общественности, через СМИ, но также рассматриваются международными и межправительственными  организациями – структурами ООН,  ОБСЕ, Совета Европы, Европейского Союза.

К «Горячим точкам» тесно примыкает Программа мониторинга прав человека в Центральной Азии, политические репрессии в которых сравнимы по масштабу со сталинскими. В сферу деятельности программы входит и положение беженцев из Средней Азии, которых власти их стран продолжают преследовать, используя для этого российские спецслужбы. Кроме того, фабрикация дел об исламском экстремизме – проблема, специфичная ранее для стран Центральной Азии, – актуальна теперь и для многих регионов России.

В силу складывающейся в стране обстановки значительно расширилась сфера деятельности программы «Миграция и право» – сети пунктов правовой помощи, работающих более чем в пятидесяти регионах, вплоть до Владивостока. В сеть входят и несколько региональных «Мемориалов». Если раньше эта работа была направлена в основном на борьбу с недостатками миграционного законодательства, то сейчас все больше проблем связано с ростом ксенофобии и произволом правоохранительных органов. Ещё одна сторона этой работы – положение мигрантов за пределами России, в странах Европы, где они нередко находятся под угрозой депортации.

Исключительно актуальна программа ПЦ «Мемориал» «Защита прав граждан России в Европейском суде по правам человека», начатая в 2002 году. В современной России трудно говорить всерьез о независимости суда; у гражданина, который судится с государством, мало шансов на успех. Многие дела уже выиграны – «чеченские», экологические, а сейчас в производстве Европейского суда по правам человека в Страсбурге находится около 90 дел, которые совместно ведут юристы ПЦ «Мемориал» и Европейского центра защиты прав человека в Лондоне. Без опоры на московский и лондонский ресурсы доведение до Страсбургского суда многих дел из российской провинции было бы в принципе невозможным. Это также сетевая программа, и ряд дел для представления в Страсбургский суд был подготовлен региональными «Мемориалами».

Отметим также программу «Этническая дискриминация», действующую не только в регионах России, таких как Краснодарский край, но и координирующую мониторинг и подготовку российскими НПО докладов о дискриминации, а при подготовке конференций ООН по этой теме курирующую страны бывшего СССР и Восточной Европы.

В 2002 году «Мемориал» стал одним из учредителей Коалиции «За демократическую альтернативную гражданскую службу», в работу которой активно включились многие «Мемориалы». Стоит особо отметить достижения Центра поддержки демократических молодежных инициатив (Молодежного «Мемориала») в Перми, накопившего солидную практику защиты прав призывников, выпустившего несколько учебных фильмов по этой теме и карманную книжку для военнослужащих. Проблемы армии и срочной службы в последнее время усугубились из-за того, что злоупотребления чиновников, связанных с призывом, из частных случаев переросли в повсеместную практику.

В рамках мемориальского проекта «Работа с общественностью России. Стратегии по повышению потребности общества в информированности о правах человека» в трех регионах (Пермь, Рязань, Ростов) проводятся информационные кампании и акции, пробуждающие у молодых людей стремление знать свои права и уметь отстаивать их. Проект осуществляется в тесном контакте с Аналитическим центром Юрия Левады, совместно с которым ведется мониторинг отношения российской молодежи к ценностям прав человека, к таким явлениям как война в Чечне, возрождение сталинизма и т. д.