Уничтожая и преследуя миллионы людей, советская власть старалась скрыть свои преступления. Кто знает, сколько в точности их было - невинных жертв террора? Где закопаны убитые? Где стояли бесчисленные лагеря и что творилось за колючей проволокой? Даже родственники расстрелянных не знали правды: «10 лет без права переписки» – вот единственная информация о судьбе сталинского зэка, краткая формула его жизни и смерти.

Основная цель «Мемориала» – отыскать путь к прошлому ради будущего. Наша задача - не учить общество, а найти факты, собрать их, осмыслить и обнародовать. Что будет с этой неудобной правдой - будет ли она воспринята обществом или отвергнута с отвращением - это и есть выбор исторического пути. Не менее важный, чем выбор формы государственного устройства или экономического уклада.

С конца 1980-х годов «Мемориал» начал систематический сбор свидетельств о коммунистическом терроре. За эти годы собран большой архив по истории репрессий, публикуются «Книги памяти» и расстрельные списки. Печатный материал аккумулируется в Библиотеке «Мемориала» в Москве. В коллекции Музея «Мемориала» сотни работ художников-заключенных, предметы лагерного быта, которые экспонировались во многих городах России и за рубежом.

Результатом архивных исследований стали фундаментальные справочники по структуре ГУЛАГа и руководящим кадрам репрессивных органов, многочисленные книги.

В рамках совместного проекта «Мемориала-Германия» и НИПЦ «Мемориал» создается интернет-портал на немецком языке (www.gulag.memorial.de), посвященный системе исправительно-трудовых лагерей в СССР; создана и его статическая версия на CD. Эти ресурсы позволят немецкоязычной аудитории получить подробные сведения о структуре, организации и жизни ГУЛАГа, а также о судьбах немецких узников советских лагерей.

По проекту «Преследование поляков и польских граждан» в последние годы подготовлены и изданы семь объемных томов с биографическими справками о репрессированных советскими органами польских гражданах. Эта работа, объединившая усилия шести региональных «Мемориалов», была отмечена правительством Польши – в апреле 2005 года 14 мемориальцев из Воркуты, Львова, Москвы, Рязани, Сыктывкара и Твери были награждены Крестами Ордена Заслуги перед Польской Республикой. При вручении награды польский президент особо подчеркнул их заслуги в изучении «катынского дела».

Проект «Жертвы двух диктатур» – сбор информации об отдельных судьбах людей, угнанных в Германию на принудительные работы в годы войны, помощь им в получении компенсации, розыск могил, организация встреч, поездок. Участие в проекте принимают около десяти региональных организаций «Мемориала».  Важной вехой в этой работе стала выставка «Невольники III Рейха», подготовленная НИПЦ «Мемориал» вместе с другими структурами к юбилею Победы в 2005 г. и прошедшая в Государственном центральном музее современной истории России.  В 2005-2006 годах во многих «Мемориалах» (Братск, Великие Луки, Воронеж, Краснодар, Назрань, Пенза, Пермь, Сыктывкар и другие) прошла подготовленная НИПЦ «Мемориал» выставка «Судьба под знаком OST». В 2005 г. в рамках школьного конкурса «Человек в истории. Россия – ХХ век» была объявлена специальная номинация «Цена Победы. Судьба под знаком ОST». На конкурс по этой номинации было получено более 1 тысячи работ из 35 регионов. Одновременно местными «Мемориалами» более чем в 10 регионах был осуществлен поиск бывших остарбайтеров, готовых давать интервью. Интервью брали как школьники – участники конкурса, так и сотрудники Архива «Мемориала».

Для многих «Мемориалов» музейная работа по теме советского террора является одной из основных. Существуют специализированные коллекции: в «Мемориалах» в Москве и Санкт-Петербурге; успешно развивается Мемориальный центр истории политических репрессий «Пермь-36»; музей «Покаяние» в Печоре; Музей следственной тюрьмы НКВД, созданный Томским «Мемориалом»; музей «Память Колымы» в поселке Ягодное Магаданской области, созданный мемориальцем Иваном Паникаровым. В музейной работе активно участвуют «Мемориалы» Республики Коми, Львовское общество «Пошук», общество «Адилет» в Казахстане.

Проект «Виртуальный музей ГУЛАГа», инициированный и возглавляемый Научно-информационным центром «Мемориал» (Санкт-Петербург), объединил материалы десятков музеев стран бывшего СССР и Восточной Европы. В октябре 2005 года открыт сайт проекта (http://www.gulagmuseum.org), на котором представлены свыше 2 тыс. экспонатов из 71 музея шести стран. Цели проекта – создать сводный  каталог «гулаговских» материалов в  различных музеях и на основе собранной коллекции оцифрованных изображений создать собственно виртуальный музей, представляющий не отдельные «деревья», а «лес» в целом.

В 2003 году в рамках программы «История диссидентского движения в СССР» началась работа над Комментариями к «Хронике текущих событий» – неподцензурному информационному бюллетеню правозащитников, издававшемуся в   1968-1982 гг.  Значение данного проекта в том, что в процессе работы впервые создается подробная и выверенная база данных по репрессиям послесталинского периода. В «Хронике» упоминаются около 15 тысяч человек, около 10 тысяч текстов Самиздата. Комментаторы поставили целью проаннотировать в указателях каждый текст, каждое имя. В работе  по поиску и сбору информации для указателей участвуют мемориальцы из многих регионов.

Крупным событием стало открытие в 2006 году сайта «Российские социалисты и анархисты после Октября 1917 года» (http://socialist.memo.ru) в рамках программы «Сопротивление социалистов и анархистов коммунистическому режиму». Впервые представлен огромный материал, показывающий реальную альтернативу большевизму в российском революционном движении начала ХХ века. На сайте размещены имена более 12 тысяч социалистов и анархистов – жертв советского террора. Там же опубликованы многие ранее неизвестные документы.