В 90-е годы одним из приоритетных в работе Фонда был проект «Глобальный мир XXI века: вызовы и ответы». Группа российских и зарубежных ученых, объединившихся под эгидой Горбачев-Фонда, под общим руководством и с личным участием Михаила Сергеевича Горбачева в течение трех лет вела разносторонние исследования процесса глобализации, включая ее философский, социально - культурный, экологический, политический и экономический аспекты, а также проблемы глобальной безопасности. В рамках подпроекта «Россия в формирующейся глобальной системе» изучены факторы, влияющие на развитие нашей страны, ее роль и место в будущем мироустройстве и решении глобальных проблем. В 2003 г. по результатам проекта опубликована фундаментальная монография «Грани глобализации», ставшая одной из первых в России обобщающих работ по этой проблеме.

Российско-канадский проект Университет Калгари - Горбачев-Фонд (УКГФ) был учрежден в 1993 г.-с целью содействия демократическим реформам в российском обществе. В течение последующих лет в рамках УКГФ при поддержке Канадского агентства международного развития были осуществлены более 40 проектов в Москве и регионах России. Все они посвящены конкретным исследованиям наиболее актуальных вопросов публичной политики в различных областях общественной жизни: в экономике, социальной сфере, культуре, образовании, во взаимоотношениях государства и гражданского общества, федерального центра и регионов России, в решении гендерных и информационных проблем. По материалам проведенных исследований прошли десятки «круглых столов», семинаров и конференций, опубликованы монографии и сборники статей. Десятилетняя деятельность проекта обобщена в монографии «Публичная политика в России».

Проект «Документальная история Перестройки» посвящен историко-архивной реконструкции замысла Перестройки и его реализации. Исследование основано на записях, которые вели помощники М.С. Горбачева на заседаниях Политбюро ЦК КПСС. В рамках проекта изданы книги «В Политбюро ЦК КПСС... По записям Анатолия Черняева, Вадима Медведева, Георгия Шахназарова (1985-1991)», «Михаил Горбачев и германский вопрос», «Союз можно было сохранить».

Современная деятельность Экс-президента СССР представлена в проекте «Михаил Горбачев после Кремля: хроника событий и общественно-политической деятельности».

Цель проекта «Экспертиза»- анализ социально-экономической и политической ситуации в России и в мире. В рамках проекта организуются серии обсуждений («мозговых штурмов») с участием ведущих российских экспертов. Обсуждения проводятся в форме круглых столов.

Материалы обсуждений публикуются на сайте и издаются Горбачев-Фондом в виде брошюр под общим названием «Круглый стол “Экспертиза”».

Проект «Горбачевские чтения» посвящен исследованиям новейшей истории России. Проект разрабатывается на базе архива и библиотеки Горбачев-Фонда, где собраны уникальные свидетельства периода Перестройки и многочисленные материалы последующего периода. «Горбачевские чтения» - это дискуссии об истоках и развитии демократических преобразований в России, ее изменяющемся положении в современном мире, о становлении гражданского общества. Такие обсуждения выполняют просветительскую миссию, формируют общественное мнение об историческом значении демократических преобразований, начатых в Перестройку, и способствуют популяризации результатов отечественных и зарубежных исследований. В Чтениях принимают участие исследователи из России и из-за рубежа, общественные деятели, политики, журналисты. Материалы обсуждений публикуются в ежегодниках «Горбачевские чтения».

Проект «Клуб Раисы Максимовны», начатый P.M. Горбачевой в 1997 г., поддерживает инициативы, способствующие росту влияния гражданского общества в России и предполагающие активное участие женщин в этом процессе. «Клуб Раисы Максимовны» проводит дискуссии, научно-практические конференции, осуществляет исследовательские проекты и благотворительные акции. Клуб одним из первых начал публичное обсуждение многих проблем современной России: таких как детская беспризорность, рост насилия в обществе и семье, гендерное неравенство и ограничения участия женщин в публичной политике, кризис системы образования, препятствия на пути благотворительности, трудности в развитии социальной журналистики. Благотворительные акции Клуба направлены в первую очередь на помощь детям, оставшимся без попечения родителей. В мероприятиях Клуба участвуют ученые, политики, общественные деятели, журналисты, представители общественных организаций. По материалам конференций Клуба публикуются статьи, интервью, издано восемь сборников и авторских монографий.

Общественно-политический центр - структурное подразделение Горбачев-Фонда. Центр изучает и сохраняет наследие эпохи Перестройки, организует общественные дискуссии и осуществляет проекты, способствующие упрочению позиций гражданского общества и содействующие демократическим реформам в России.

В структуре Центра выделяются три основных направления: научно-информационное (архивно-библиотечный комплекс), просветительское (экспозиция «М.С. Горбачев: Жизнь и реформы») и общественно-дискуссионное (организация и проведение конференций и «круглых столов»).

В Архиве собраны текстовые, электронные и аудиовизуальные материалы, связанные с деятельностью М.С. Горбачева и отражающие наиболее значительные события новейшей социально-политической истории России. Основу собрания составляют материалы, передаваемые в дар Архиву семьей Горбачевых, членами ближайшего окружения, а также материалы Горбачев-Фонда. Архив содержит более около 30 000 единиц хранения, в числе которых личные фонды М.С.Горбачева, А.С.Черняева, В.В. Загладина, Г.Х. Шахназарова, В.А.Медведева, а также документы Горбачев-Фонда. Кроме того, архив располагает уникальным собранием фотографий (около 20 000 единиц хранения).

Библиотека, насчитывающая около 6 000 наименований книг, брошюр и статей на русском и иностранных языках, комплектуется изданиями, посвященными Перестройке, деятельности М.С. Горбачева и отвечающими тематике исследований Фонда. В читальном зале, открытом для исследователей, регулярно проходят выставки книг и статей, опубликованных российскими и зарубежными издательствами.

11 марта 2005 г. в Горбачев-Фонде состоялось торжественное открытие постоянной экспозиции «М.С.Горбачев: жизнь и реформы».. Цель экспозиции - показать уникальность эпохи Перестройки, всю ее сложность и драматизм. Редкие документальные свидетельства из личных архивов М.С.Горбачева и его соратников, из собрания Горбачев-Фонда передают дух и реалии перестроечного времени.

Экспозиционный центр «М.С. Горбачев: жизнь и реформы» - это вклад Горбачев-Фонда в исследование истории современной России. Создатели экспозиции видят свою главную задачу в том, чтобы познакомить молодое поколение россиян с эпохой Перестройки, ее главным архитектором, основными действующими лицами и дать возможность глубже понять истинную историю своей страны.

Автор концепции Экспозиционного Центра - Вице-президент Горбачев-Фонда И.М. Горбачева-Вирганская. Дизайнерская группа: А.А.Литвин, А.Ф.Саргсян, Ю.Ломброзо.